Cốt truyện của MOON. xoay quanh một tổ chức bí ẩn được biết đến với tên FARGO. Nhân vật chính là Amasawa Ikumi (天沢郁未, Amasawa Ikumi? lồng tiếng bởi: Ruru), một cô gái trẻ phát hiện ra FARGO có dính líu đến cái chết của mẹ mình là Amasawa Miyoko (天沢未夜子, Amasawa Miyoko?), xảy ra sáu năm trước khi câu chuyện bắt đầu.[1] Miyoko, người thường xuyên làm món súp kem đặc biệt cho con gái mình, là một thành viên của FARGO. Sau khi phát giác ra điều này, Ikumi gia nhập FARGO để tìm hiểu lý do mẹ cô qua đời trong khi cũng dần nhận ra bản chất tội ác của tổ chức khi khai thác năng lực tâm linh bằng cách tra tấn.[5] Ikumi cuối cùng quyết tâm trả thù cho mẹ mình bằng cách chống lại FARGO.[1]

Ikumi và chín cô gái khác cùng lứa tuổi với cô được triệu tập trong một hội thảo dành cho những người muốn gia nhập FARGO; cô được đưa vào một chiếc xe tải chở nhóm nhỏ này đến căn cứ của FARGO, và trên đường đi, Ikumi làm quen với hai cô gái khác có mục đích tương tự.[1] Một cô tên là Mima Haruka (巳間晴香, Mima Haruka? lồng tiếng bởi: Aya), tham gia FARGO để cứu anh trai mình. Cô bắt đầu hợp tác với Ikumi vì lợi ích đạt được mục tiêu chung của hai người.[5] Cô gái còn lại tên là Nakura Yui (名倉由依, Nakura Yui? lồng tiếng bởi: Serizono Miya), đang tìm kiếm chị mình là Nakura Yuri (名倉友里, Nakura Yuri? lồng tiếng bởi: Nishida Komugi), người gia nhập FARGO để có được 'quyền năng vô hình', một loại nhận thức ngoại cảm. Yui thể hiện ra ngoài một tính cách lạc quan nhằm che đậy quá khứ u tối mà cô không muốn nhớ lại. Mỗi cô gái đều rất tự tin sẽ thực hiện được mục tiêu của mình, và họ giúp đỡ nhau trên đường đi.[5]

Đến FARGO, Ikumi gặp mặt những người khác có liên hệ với nhóm. Trong số đó gồm Kanuma Yōko (鹿沼葉子, Kanuma Yōko? lồng tiếng bởi: Kodama Satomi), một chiến hữu khiêm nhường gia nhập tổ chức có nguyên do; chuyện gì đó đã xảy ra giữa người phụ nữ này và mẹ của Ikumi. Cũng tại FARGO, Ikumi ở chung với một cậu bé được gọi là "Shōnen" (少年, "Shōnen"? tạm dịch: Nhóc hay Thằng bé, lồng tiếng bởi: Tsunami Arashi).[5] Cậu giải đáp giúp Ikumi những thắc mắc liên quan đến mẹ của cô; Shōnen không bao giờ tiết lộ tên thật của cậu. Những nhân vật khác gồm Takatsuki (高槻, Takatsuki? lồng tiếng bởi: Yūatono Matsuri), một người đàn ông kiêu ngạo trong FARGO, và Tsuki (月, Tsuki? tạm dịch: Mặt trăng), biểu tượng của FARGO và là người đứng đằng sau mọi hoạt động của tổ chức, cũng là nhân vật phản diện chính.[5]